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勤怠管理システムの36協定対応とは?必要な機能・選び方・おすすめ5選を解説

更新日 2026年10月19日
36協定では、時間外労働の上限規制を守るため、月間・年間の残業時間に加え、休日労働を含む複数月平均などの管理も必要です。Excelや手作業での管理では、集計に手間がかかり、上限超過の兆候を見落とすおそれがあります。
本記事では、36協定の基本ルールや必要な勤怠管理、システムの機能・選び方を解説します。おすすめの勤怠管理システム5選も紹介するので、自社に適したシステムの比較・検討にお役立てください。
36協定への対応に役立つ勤怠管理システムの主な機能は、以下のとおりです。
主な機能とできること
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36協定とは?勤怠管理で押さえるべき基本ルール

36協定とは?勤怠管理で押さえるべき基本ルール
36協定は、企業が従業員に法定時間外労働や法定休日労働をさせる場合に必要な労使協定です。勤怠管理では、36協定の締結・届出が必要になる条件に加え、時間外労働の上限規制や特別条項のルールを理解しておく必要があります。

36協定の締結・届出が必要になるケース

企業が従業員に法定労働時間を超える時間外労働や法定休日の労働をさせる場合は、事前に36協定を締結し、所轄の労働基準監督署へ届け出る必要があります。36協定とは、労働基準法第36条に基づく「時間外・休日労働に関する協定」のことで、労働者の過半数で組織する労働組合、または労働者の過半数代表者との間で締結するものです。
法定労働時間は原則として1日8時間・週40時間です。例えば、所定労働時間が7時間の企業で1時間残業しても、法定労働時間を超えなければ、その残業だけを理由に36協定は必要ありません。一方、法定休日に労働させる場合は、労働時間の長さにかかわらず協定が必要です。また、36協定を締結・届出していても、協定で定めた範囲を超える時間外・休日労働は認められません。
※ 出典:厚生労働省「労働条件・職場環境に関するルール」
https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/koyou_roudou/roudouseisaku/chushoukigyou/joken_kankyou_rule.html

時間外労働の上限は原則月45時間・年360時間

36協定を締結している場合でも、時間外労働の上限は原則として月45時間・年360時間です。これは労働基準法に定められた上限規制であり、臨時的な特別の事情がなければ超えることはできません。対象となるのは法定労働時間を超える労働であり、会社が定めた所定労働時間を超えた時間がすべて該当するわけではありません。
時間外労働の原則的な限度時間
また、36協定では法律上の上限以内で、実際に延長できる時間を労使間で定めます。例えば、協定で月30時間を上限としている場合、法律上の原則である月45時間まで自由に残業させられるわけではありません。なお、対象期間が3か月を超える1年単位の変形労働時間制では、原則の限度時間が月42時間・年320時間となります。企業は法定の上限規制だけでなく、自社の協定内容に基づいた労働時間の管理が求められます。
※ 出典:厚生労働省「時間外労働の上限規制」
https://hatarakikatakaikaku.mhlw.go.jp/overtime.html

特別条項付き36協定でも超えられない上限がある

特別条項付き36協定を締結していても、時間外労働を無制限に行わせることはできません。通常予見できない業務量の大幅な増加など、臨時的な特別の事情がある場合に限り、原則の月45時間・年360時間を超える時間外労働が認められます。ただし、特別条項を設ける場合でも、法律で定められた上限を守らなければなりません。
一般の事業・業務では、時間外労働は年720時間以内、時間外労働と法定休日労働の合計は月100時間未満、2〜6か月の各平均で80時間以内が上限です。また、原則の月45時間を超えられるのは年6か月までに限られます。月100時間未満・複数月平均80時間以内の規制は、特別条項の有無にかかわらず適用されます。なお、自動車運転業務や医師などには異なる規制が適用されるため、対象業務に応じた確認が必要です。
特別条項があっても守るべき上限
※ 出典:厚生労働省「時間外労働の上限規制」
https://hatarakikatakaikaku.mhlw.go.jp/overtime.html
※ 出典:厚生労働省「建設業・ドライバー・医師等の時間外労働の上限規制」
https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/koyou_roudou/roudoukijun/gyosyu/topics/01.html

36協定を遵守するために必要な勤怠管理

36協定を遵守するために必要な勤怠管理
36協定を遵守するには、従業員ごとの時間外労働や休日労働の実績を正確に把握し、協定で定めた上限時間と照らし合わせて管理することが重要です。特に、月間・年間の累計時間、複数月平均、特別条項の適用回数を継続的に確認する必要があります。

36協定の対象期間に合わせて時間外労働の累計を管理する

36協定の上限超過を防ぐには、従業員ごとの法定時間外労働を月間・年間で集計し、協定で定めた上限までの残り時間を把握することが重要です。36協定には対象期間と起算日が定められているため、暦年や会社の事業年度ではなく、自社の協定に沿った期間で累計時間を確認する必要があります。また、所定労働時間を超えた時間と法定時間外労働を区別し、集計対象を誤らないことも欠かせません。
実務では、月末や年度末の集計結果だけでなく、月の途中でも残業実績と今後の勤務予定を確認し、上限を超える見込みがないか把握します。例えば、36協定で月30時間を上限としている場合、残業が25時間に達した時点で、その後の業務量や残業予定を確認する運用が考えられます。年間についても、毎月の実績を積み上げ、対象期間の終了前に上限へ達しないよう継続的に管理します。
※ 出典:厚生労働省「時間外労働の上限規制」
https://hatarakikatakaikaku.mhlw.go.jp/overtime.html

休日労働を含む月100時間未満・複数月平均80時間以内を管理する

時間外労働と法定休日労働の合計について、単月では100時間未満、2〜6か月の各平均では80時間以内となるよう管理する必要があります。これらの上限規制は特別条項の有無にかかわらず適用されるため、法定時間外労働だけを集計していては適切に管理できません。月単位の実績に加え、連続する複数月の労働時間を確認することが求められます。
特に注意したいのは、2か月・3か月・4か月・5か月・6か月の各平均をすべて確認する点です。例えば、直近2か月平均が80時間以内でも、3か月平均では超過する可能性があります。また、36協定の起算日をまたぐ期間も計算対象になるため、協定年度が切り替わっても過去の実績を引き継いで確認しなければなりません。毎月の集計時に各期間の平均を算出し、上限への接近状況を把握することが大切です。
複数月平均の管理で確認すること
※ 出典:厚生労働省「時間外労働の上限規制」
https://hatarakikatakaikaku.mhlw.go.jp/overtime.html
※ 出典:厚生労働省「36協定届のチェックボックスに関するQ&A」
https://www.startup-roudou.mhlw.go.jp/qa/zigyonushi/roudoujikan/q7.html

原則の限度時間を超える回数と特別条項の適用状況を管理する

特別条項付き36協定を締結している場合は、原則の限度時間を超えた回数を記録し、年間6か月の上限を超えないよう管理する必要があります。原則の限度時間を超える時間外労働は、臨時的な特別の事情がある場合に限られます。そのため、残業時間の合計だけでなく、限度時間を超えた月数や、特別条項を適用した理由・状況も把握することが重要です。
実務では、36協定の対象期間内で原則の限度時間を超えた月を従業員ごとに記録し、残り何か月まで超過が認められるかを確認します。例えば、すでに5か月で限度時間を超えている従業員については、残る対象期間の勤務予定や業務量を慎重に調整する必要があります。また、自社の協定で定めた特別延長時間や適用手続きも確認し、特別条項を理由に無条件で残業を認める運用にならないよう注意が必要です。
※ 出典:厚生労働省「時間外労働の上限について」
https://www.startup-roudou.mhlw.go.jp/36_pact.html
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36協定に対応した勤怠管理システムの選び方・ポイント

36協定に対応した勤怠管理システムの選び方・ポイント
36協定に対応した勤怠管理システムを選ぶ際は、残業時間の自動集計や上限超過アラートに加え、自社の36協定に合わせた設定ができるかを確認することが重要です。特に、複数月平均や特別条項の管理など、製品によって対応範囲が異なる機能を比較しましょう。

月間・年間・複数月平均の残業時間を自動集計・管理できるか

36協定の上限規制に対応するには、月間・年間の法定時間外労働だけでなく、休日労働を含む複数月平均まで自動集計・管理できるシステムを選ぶことが重要です。月ごとの残業時間だけを集計する製品では、年間の累計時間や複数月平均の上限超過を見落とすおそれがあります。法定時間外労働と法定休日労働を区別して集計し、必要に応じて合算できるかも確認しましょう。
比較する際は、月間・年間の累計時間に加え、2〜6か月の各平均や上限までの残り時間を確認できるかがポイントです。従業員ごとの管理画面や一覧表で残業状況を把握できれば、長時間労働の兆候を早期に発見しやすくなります。また、集計結果をCSVなどで出力できる製品なら、人事・労務担当者による確認や社内報告にも活用できます。自社で必要な集計項目と表示方法を整理し、対応範囲を比較してください。

自社の36協定の上限時間・起算日・特別条項に合わせて設定できるか

自社で締結した36協定に沿って勤怠管理を行うには、上限時間や起算日、特別条項の条件を柔軟に設定できるシステムを選ぶ必要があります。法定上限に対応している製品でも、自社の協定で定めた上限時間を設定できなければ、適切な管理が難しくなります。特に、月間・年間の上限時間や対象期間の起算日を個別に設定できるかは、比較時に確認したい項目です。
特別条項を設けている企業では、通常の限度時間と特別条項適用時の上限を区別し、限度時間を超えた月数を管理できるかも確認しましょう。また、部署や従業員区分によって適用する協定が異なる場合は、それぞれの条件を設定できるかがポイントです。製品によって設定できる項目や管理範囲は異なるため、公式サイトの機能説明だけで判断せず、自社の協定内容をもとに具体的な設定可否を確認することが大切です。
36協定の設定機能で確認したい項目

上限超過を防ぐアラート機能が充実しているか

36協定の上限超過を未然に防ぐには、残業時間が設定した基準に近づいた段階で通知できるアラート機能が役立ちます。比較時には、単にアラート機能があるかだけでなく、月間・年間の時間外労働、複数月平均、特別条項の適用回数など、どの管理項目を通知対象にできるかを確認しましょう。上限に達してから通知する仕組みだけでは、事前の業務調整に間に合わないおそれがあります。
特に確認したいのは、警告基準を任意に設定できるか、複数段階の通知に対応しているか、誰に通知されるかという点です。例えば、上限の80%に達した段階で従業員と上長に通知し、さらに接近した際に人事担当者へ知らせる運用が考えられます。また、通知方法がメールなのか管理画面への表示なのかも、確認のしやすさに影響します。自社の管理体制に合った通知条件を設定できる製品を選びましょう。
アラート機能の比較チェックリスト

残業申請・承認や残業状況の確認がしやすいか

36協定に基づく残業時間を適切に管理するには、残業の申請・承認状況と実際の労働時間を確認しやすいシステムを選ぶことが重要です。残業申請・承認機能があれば、従業員からの申請内容を上長が確認し、業務の必要性や残業予定時間を踏まえて判断できます。ただし、承認された時間だけを労働時間として扱うのではなく、打刻などによる実際の勤務実績も把握できることが必要です。
比較する際は、申請・承認の操作性に加え、申請時間と実績時間の差異を確認できるか、未承認の申請を一覧表示できるかなどを確認しましょう。また、従業員別・部署別の残業時間や上限への到達状況をレポートで把握できれば、管理者による確認作業を効率化できます。申請・承認と実績管理を組み合わせ、残業時間の把握から業務調整まで無理なく運用できるかが選定のポイントです。
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36協定に対応したおすすめの勤怠管理システム5選

36協定に対応したおすすめの勤怠管理システム
36協定に対応した勤怠管理システムを選ぶ際は、残業時間の集計や上限アラート、申請・承認などの機能を比較することが重要です。ここでは、36協定に基づく労働時間管理に役立つおすすめの勤怠管理システム5選を紹介します。各サービスの特徴や機能、料金を比較し、自社に合うシステムを検討しましょう。

サービス名

36協定への対応機能

こんな企業におすすめ

KING OF TIME

KING OF TIME

株式会社ヒューマンテクノロジーズ
出典:KING OF TIME http://www.kingtime.jp/
参考価格
月
300
円
/ユーザー
トライアルあり
IT導入補助金対象
上場企業導入実績あり

特別条項の回数や複数月平均まで細かく管理したい企業向け

強み
・特別条項の回数や複数月平均を管理
・所属・雇用区分ごとに上限を設定
・到達者を確認しメールで通知

KING OF TIMEは、株式会社ヒューマンテクノロジーズが提供するクラウド型の勤怠管理システムです。36協定の届出内容に沿って上限時間と警告時間を設定でき、月間・年間の時間外労働のほか、原則の限度時間を超えた回数や、休日労働を含む月間・複数月平均の警告値も管理できます。

基準に達した従業員は管理画面で確認でき、メールで通知する運用も可能です。所属や雇用区分ごとに上限を分けて登録できるため、協定の内容が部署や雇用形態で異なる企業にも向いています。残業の申請・承認機能も備え、未申請の残業がある従業員へ確認メールを送る設定もできます。1年間の集計は事業年度開始月日が起算日となるため、協定の起算日に合わせる設定が推奨されています。

主な機能
  • ICカード打刻
  • PC打刻・Web打刻
  • 静脈認証打刻
  • GPS打刻(位置情報記録)
ジョブカン勤怠管理

ジョブカン勤怠管理

株式会社DONUTS
出典:ジョブカン勤怠管理 https://jobcan.ne.jp/
参考価格
無料
他
無料プランあり
トライアルあり
IT導入補助金対象
上場企業導入実績あり

月45時間超の回数や複数月平均を一覧で把握したい企業向け

強み
・特別条項の限度時間・回数を登録
・2〜6か月平均や月45時間超の回数を一覧表示
・本人・管理者へメール通知

ジョブカン勤怠管理は、株式会社DONUTSが提供する勤怠管理システムです。36協定設定では、年間の起算日や特別条項の限度時間・回数、アラートの条件を登録できます。また、起算日を除く36協定の条件については、全社のほか、グループやスタッフ種別ごとの設定も作成できます。

法定外労働状況一覧では、当月の時間数に加えて直近2〜6か月の平均や年間の合計、月45時間を超えた回数をスタッフごとに確認でき、基準に達すると色で警告が表示されます。アラートはスタッフ本人や管理者へのメールでも通知できます。また、起算日を変更すると全データが再集計される点には注意が必要です。なお、この一覧はフレックス制や変形労働時間制には対応していないため、該当する企業は確認が必要です。

主な機能
  • ICカード打刻
  • PC打刻・Web打刻
  • 静脈認証打刻
  • GPS打刻(位置情報記録)
マネーフォワード クラウド勤怠Plus

マネーフォワード クラウド勤怠Plus

株式会社マネーフォワード
出典:マネーフォワード クラウド勤怠Plus https://biz.moneyforward.com/attendance
参考価格
お問い合わせ
IT導入補助金対象

勤務地ごとに異なる36協定を運用する中堅・大企業向け

強み
・勤務地ごとに36協定を個別設定
・超過の予兆や違反を自動検知
・管理者と本人へアラート通知

マネーフォワード クラウド勤怠Plusは、株式会社マネーフォワードが提供する、中堅から大企業向けの勤怠管理システムです。勤務地ごとに異なる36協定のルールを個別に設定でき、残業超過の予兆や法違反となる時間超過を自動で検知して、管理者と本人へアラートで通知します。

労使協定や就業規則を作成して周知する機能に加え、36協定の締結スケジュールも設定できます。時間外労働や深夜労働、休日出勤などの労働時間を集計・可視化でき、残業の申請・承認や承認経路の設定にも対応しています。拠点ごとに異なる36協定を管理できるため、複数拠点で労務管理を行う中堅・大企業に向いています。

主な機能
  • ICカード打刻
  • PC打刻・Web打刻
  • GPS打刻(位置情報記録)
  • 自動連携できる給与計算システムあり
奉行Edge 勤怠管理クラウド

奉行Edge 勤怠管理クラウド

株式会社オービックビジネスコンサルタント
出典:奉行Edge 勤怠管理クラウド https://www.obc.co.jp/bugyo-edge/attend
参考価格
月
13,080
円
他
トライアルあり
IT導入補助金対象

月間・年間・2〜6か月平均を自動監視したい企業向け

強み
・1か月・1年間・2〜6か月平均を自動監視
・上限を超える前に警告
・36協定に合わせて自動集計

奉行Edge 勤怠管理クラウドは、株式会社オービックビジネスコンサルタントが提供するクラウド型の勤怠管理システムです。自社の36協定に合わせて時間外・休日労働時間を自動集計し、届出時間をもとに月間・年間の労働時間や2〜6か月の平均時間を監視します。

上限を超えてしまう前に警告できるため、超過しそうな従業員を早めに把握する運用につなげられます。残業時間は1分単位で計算され、テレワークや時差出勤といった働き方にも対応します。就業規則や労使協定書をもとに、質問に答えていく形で初期設定を進められる点も特徴です。なお、OBCからの直接販売は行っておらず、奉行クラウドを取り扱うパートナー会社を通じた提供となります。

主な機能
  • ICカード打刻
  • PC打刻・Web打刻
  • 静脈認証打刻
  • 自動連携できる給与計算システムあり
ミナジン勤怠管理

ミナジン勤怠管理

株式会社kubellパートナー
出典:ミナジン勤怠管理 https://minagine.jp/system/
参考価格
月
30,000
円
IT導入補助金対象
上場企業導入実績あり

36協定の上限超過や特別条項の適用状況をレポートで確認したい企業向け

強み
・月間・年間の法定外残業時間を一覧表示
・特別条項の適用回数や2〜6か月平均を確認
・上限への接近を色分け表示し、CSV出力にも対応

ミナジン勤怠管理は、株式会社kubellパートナーが提供する勤怠管理システムです。36協定に基づく時間外労働のチェック機能を備え、月間・年間の法定外残業時間や、特別条項を適用した回数、法定休日労働を含む残業時間、2〜6か月平均を確認できます。

36協定チェックレポートでは、部署別・従業員別に労働時間を一覧表示でき、上限を超えた項目や上限に近づいている項目が赤やオレンジで色分けされます。CSV形式での出力にも対応し、社内での集計や確認にも活用できます。従業員自身も月間・年間の残業状況を確認できるため、人事・労務担当者だけでなく、現場と連携して労働時間を管理したい企業にも向いています。

主な機能
  • ICカード打刻
  • PC打刻・Web打刻
  • GPS打刻(位置情報記録)
  • フレックスタイム制への対応
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36協定に対応するためのシステム導入・運用ポイント

勤怠管理システムを導入して36協定への対応を適切に進めるには、自社の協定内容をシステムに正しく反映し、継続的に残業時間を確認できる運用体制を整えることが重要です。特に、初期設定の正確性とアラート発生時の対応ルールが、上限超過を防ぐうえでのポイントになります。

自社の36協定に合わせてシステムの管理条件を設定する

勤怠管理システムで36協定に沿った労働時間管理を行うには、自社の協定内容や就業規則を確認し、上限時間・起算日・集計ルールなどを正しく設定する必要があります。初期設定が実際の協定内容と異なると、残業時間を自動集計できても、上限への到達状況を正確に判断できません。特に、法定時間外労働と法定休日労働の区分、特別条項の適用条件などは、設定前に整理しておくことが重要です。
導入時には、人事・労務担当者が36協定届や就業規則をもとに管理条件を確認し、システムへ反映します。部署や従業員区分によって適用条件が異なる場合は、それぞれの設定も必要です。また、運用開始前に実際の勤怠データを使って集計結果やアラートの動作を検証し、設定漏れがないか確認しましょう。協定の更新や就業規則の変更があった際に、設定内容を見直す担当者と手順も決めておくと安心です。
導入時に確認・設定する主な項目

アラート発生時の確認・対応フローを決める

36協定の上限超過を防ぐには、アラートが発生した際に誰が残業状況を確認し、どのように対応するかを事前に決めておくことが重要です。システムが上限への接近を通知しても、管理者が確認せず対応が遅れれば、超過を防ぐことはできません。通知を受ける担当者だけでなく、勤務予定の見直しや業務調整を判断する責任者を明確にしておく必要があります。
例えば、残業時間が警告基準に達した場合、直属の上長が実績と今後の勤務予定を確認し、必要に応じて業務の再配分や残業予定の調整を行う運用が考えられます。特別条項の適用が必要になる場合は、協定で定めた条件や手続きに沿って人事・労務担当者が確認する体制も必要です。また、アラートへの対応状況を記録・共有し、未対応のまま放置されない仕組みを整えることで、継続的な労働時間管理につなげられます。

36協定と勤怠管理システムに関するFAQ

36協定と勤怠管理システムに関するFAQ36協定の管理では、勤怠管理システムの導入によってどこまで対応できるのか、Excelでの管理でも問題ないのかといった疑問が生じることがあります。ここでは、36協定違反の防止に向けたシステムの活用方法や、Excelによる管理について、よくある質問に回答します。

勤怠管理システムを導入すれば36協定違反を防げますか?

勤怠管理システムを導入することで36協定違反のリスクを減らせますが、導入するだけで違反を完全に防げるわけではありません。残業時間の自動集計や上限超過アラートなどの機能を活用すれば、長時間労働の兆候を早期に把握できます。ただし、システムの設定が自社の36協定と一致していなかったり、実際の労働時間が正しく記録されていなかったりすると、適切な管理はできません。
また、アラートが発生した場合は、管理者が勤務実績や今後の残業予定を確認し、必要に応じて業務量の調整などを行う必要があります。特別条項を適用する際も、協定で定めた条件や手続きを守らなければなりません。36協定違反を防ぐには、システムによる労働時間の把握と、企業側の適切な運用を組み合わせることが重要です。

※ 出典:厚生労働省「労働条件・職場環境に関するルール」
https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/koyou_roudou/roudouseisaku/chushoukigyou/joken_kankyou_rule.html

36協定の管理はExcelでもできますか?

36協定に関する労働時間の管理は、Excelでも可能です。法律上、36協定の管理に特定の勤怠管理システムを導入する義務はありません。ただし、Excelを利用する場合も、従業員の始業・終業時刻を適切に把握し、法定時間外労働や法定休日労働を正確に集計する必要があります。厚生労働省のガイドラインでは、原則として使用者による現認やタイムカードなどの客観的な記録を基礎に、労働時間を確認・記録する方法が示されています。Excelでは、月間・年間の累計時間や複数月平均、特別条項の適用回数などを計算式で管理できます。
一方、従業員数が増えると、データの転記ミスや計算式の設定漏れ、更新の遅れが生じるおそれがあります。36協定の上限に近づいた従業員を継続的に確認する負担も大きくなるため、集計の正確性や管理工数を踏まえて、勤怠管理システムの導入を検討するとよいでしょう。

※ 出典:厚生労働省「労働時間の適正な把握方法について教えて下さい。」
https://www.check-roudou.mhlw.go.jp/qa/roudousya/roudoujikan/q5.html

まとめ|勤怠管理システムで36協定の上限超過を防ごう

36協定の上限超過を防ぐには、従業員ごとの時間外労働や休日労働を正確に把握し、協定で定めた上限時間に沿って継続的に管理することが重要です。特に、月間・年間の残業時間だけでなく、複数月平均や特別条項の適用回数も適切に管理する必要があります。勤怠管理システムを活用すれば、残業時間の自動集計やアラート通知によって管理負担を軽減し、上限超過の兆候を早期に把握できます。
システムを選ぶ際は、自社の36協定の上限時間や起算日に合わせて設定できるか、必要な集計・アラート機能が備わっているかを比較しましょう。また、導入後は適切な初期設定と管理者による継続的な確認・対応も欠かせません。本記事で紹介した5つのサービスも参考に、自社の勤務形態や管理体制に合った勤怠管理システムを検討してください。
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著者
人事DX最強ナビ編集部
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