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大企業向け勤怠管理システムおすすめ7選!選び方・比較ポイントも解説

更新日 2026年06月19日
大企業向けの勤怠管理システムとは?
大企業の勤怠管理には、複雑な勤務形態や多拠点管理、複数の就業規則の一元管理など、中小企業とは異なる高度な要件があります。本記事では、「大企業向け」として3つの選定基準を設け、すべてを満たすシステムのみをおすすめ7選に絞って比較・紹介します。選び方のポイントも解説していますので、ぜひ参考にしてください。
この記事の要点

大企業向け勤怠管理システムとは

大企業向け勤怠管理システムとは
大企業向けの勤怠管理システムとは、従業員数が多く、勤務形態や組織構造が複雑な企業の勤怠に対応できるシステムのことです。一般的に従業員500名以上を目安とするケースが多く、多様な雇用形態・複数拠点・グローバル対応など、中小企業には不要な機能が求められます。
中小企業向けのシステムとの大きな違いは、カスタマイズ性・処理能力・複数就業規則の管理範囲です。大企業では拠点ごとに異なる就業規則や、複数の勤務形態が混在するケースが多く、これらをすべて1つのシステムで正確に管理できるかどうかが選定の核心になります。
中小企業におすすめの勤怠管理システムは以下記事を参照してください。
中小企業向け勤怠管理システムおすすめ7選!選び方・比較ポイントも解説
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大企業が抱えがちな勤怠管理の課題

勤怠管理システムを導入済みの大企業でも、従業員規模・組織の複雑さ・法令対応の厳格さゆえに、中小企業向けの標準的なシステムでは対処しきれない課題が残ります。大企業が勤怠管理システムへの移行・切り替えを検討する際の主な背景として、以下のような課題が挙げられます。

既存システムの勤務形態カスタマイズに限界がある

フレックスタイム制・裁量労働制・変形労働時間制・シフト勤務など、複数の勤務形態が同一企業内に混在するのが大企業の特徴です。部門や職種ごとに異なる勤怠ルールを細かく設定できるかどうかは、システムによって大きく差があります。
汎用的な中小企業向けシステムでは設定項目が少なく、イレギュラーな勤務パターンへの対応が属人的な運用でカバーされているケースも少なくありません。

多拠点・複数就業規則の一元管理ができていない

国内外に複数拠点を持つ大企業では、拠点ごとに異なる就業規則・36協定・時差を1つのシステムで管理する必要があります。システムが拠点単位での就業規則設定に対応していない場合、拠点ごとに別システムを使うか、本社側で手動集計するという非効率な運用が生まれます。法改正や労使協定の更新のたびに個別対応が発生するのも、大企業に多い悩みです。

リアルタイムでの労働時間把握・アラートが機能していない

働き方改革関連法への対応として、過重労働のリスク管理や月次・年次での36協定超過の監視は、大企業ほど厳格に求められます。しかし既存システムが月次集計しか対応していないケースでは、上限に近づいていても管理職がリアルタイムで気づけず、事後対応になってしまいます。
数千・数万人規模の組織全体をリアルタイムで監視できるかどうかは、大企業向けシステムかどうかの分水嶺の一つです。

人事・給与・ERPシステムとのAPI連携が不十分

大企業では勤怠データを給与計算システム・人事評価システム・ERP(基幹業務システム)と自動連携させることが前提です。既存の勤怠システムがAPI連携に対応していない、あるいは自社の基幹システムとの連携実績がない場合、担当者が手動でデータを転記・加工する工数が毎月発生します。
従業員数が多いほど転記ミスのリスクも高まるため、連携の深さは大企業において特に重要な選定基準になります。

承認フローが組織の階層構造に対応できていない

大企業では、申請→直属上長承認→部門長承認→人事確認といった多段階の承認フローが存在します。また、組織変更・異動・兼務が頻繁に発生するため、承認者の設定を都度手動で変更しなければならないシステムでは、管理コストが膨大になります。組織図・人事マスタと連動して承認フローが自動更新されるかどうかも、大企業が見るべきポイントです。

【比較表】大企業向けおすすめ勤怠管理システム

ここからは、大企業向けの勤怠管理システム7選を紹介します。まず比較表で全体を確認し、その後各サービスの詳細を確認ください。

サービス名

対象規模

得意分野

特徴

大企業向け勤怠管理システムの選定基準
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大企業向けおすすめ勤怠管理システム7選

比較表で紹介した大企業向けの勤怠管理システムの特徴を紹介しています。
キンタイミライ

キンタイミライ

株式会社ネオレックス
出典:キンタイミライ https://kintaimirai.jp/
参考価格
240,000
上場企業導入実績あり

キンタイミライは、ネオレックス株式会社が提供する大規模法人向け勤怠管理システムです。「大企業シェアNo.1」と公式に明示しており、1,000名以上の大企業を中心に導入されています。専任のコンサルティングチームが自社の就業規則をヒアリングし、複雑な勤務ルールをシステム上に正確に再現する点が最大の強みです。

フレックスタイム制・変形労働時間制・裁量労働制・シフト管理に対応しており、外国人労働者の「週28時間管理」のような汎用システムでは対応が難しいルールにも柔軟に設定できます。費用は要問い合わせです。

主な機能
  • ICカード打刻
  • PC打刻・Web打刻
  • 静脈認証打刻
  • GPS打刻(位置情報記録)
COMPANY

COMPANY

株式会社Works Human Intelligence
出典:COMPANY https://www.works-hi.co.jp/products/hcm
参考価格
お問い合わせ
上場企業導入実績あり

COMPANYは、株式会社Works Human Intelligenceが提供する統合人事システムです。約1,200の大手法人グループに導入、500万人以上の従業員データを管理しています。勤怠管理だけでなく、人事・給与・タレントマネジメントを1つのシステムで一元管理できる点が特徴です。

変形労働時間制・フレックスタイム制・在宅勤務・シフトなど大企業で採用されるあらゆる勤務形態に標準機能で対応しています。複数の就業規則や多拠点管理も高いカスタマイズ性でカバーします。

主な機能
  • 残業手当の自動計算機能
  • 簡易検索
  • ICカード打刻
  • 電話サポートあり
リシテア/就業管理クラウドサービス

リシテア/就業管理クラウドサービス

株式会社日立ソリューションズ
出典:リシテア/就業管理クラウドサービス https://www.hitachi-solutions.co.jp/lysithea_cloud/sp/
参考価格
350
円~
/ユーザー
上場企業導入実績あり

リシテアは、株式会社日立ソリューションズが提供する人事総合ソリューションです。1994年の提供開始以来、累計1,700社以上・249万人以上の大企業・官公庁への導入実績があります。

固定労働制・フレックスタイム制・交代勤務制・裁量労働制など多様な勤務体系に対応し、スタンダードプランで約200個、プレミアムプランで約4,000個のパラメータを組み合わせて複数の就業規則を設定できます。グローバル対応(日本語・英語・中国語に標準対応)や、コンプライアンス強化(36協定の残業時間管理とアラート機能)が強みです。

主な機能
  • ICカード打刻
  • PC打刻・Web打刻
  • GPS打刻(位置情報記録)
  • 自動連携できる給与計算システムあり
WiMS/SaaS勤務管理システム

WiMS/SaaS勤務管理システム

株式会社ソリューション・アンド・テクノロジー
出典:WiMS/SaaS勤務管理システム https://wims-saas.solty.co.jp
参考価格
お問い合わせ
トライアルあり

WiMS/SaaSは、株式会社ソリューション・アンド・テクノロジーが提供する勤怠管理システムです。「大企業〜成長企業でのご利用を前提」と公式に明示しており、1,000名以上の企業を中心に数万名規模の企業にも導入されています。上場企業に求められる内部統制(J-SOX)への対応や、グループ会社全体を横断した勤怠管理機能が特徴です。

工数管理との連携による予実管理が可能で、主な導入企業にセブン&アイホールディングス、竹中工務店などがあります。費用は要問い合わせです。

主な機能
  • ICカード打刻
  • PC打刻・Web打刻
  • GPS打刻(位置情報記録)
  • 自動連携できる給与計算システムあり
TimePro-eX

TimePro-eX

アマノ株式会社
出典:TimePro-eX https://www.amano.co.jp/tis/line-up/timepro-ex/
参考価格
お問い合わせ

TimePro-eXは、アマノ株式会社が提供するクラウド型勤怠管理システムです。タイムレコーダーのリーディングカンパニーとして長年の実績を持ち、「500名以上の大企業2,000社以上で稼働中」と公式に明示しています。

1,000項目を超えるパラメータ設定により、変形労働時間制・フレックスタイム制・みなし労働時間制・裁量労働制など多様な勤務形態に対応します。複数拠点・複数就業規則の管理も、パラメータの組み合わせにより自社の固有ルールに合わせた設定可能です。費用は要問い合わせです。

主な機能
  • ICカード打刻
  • PC打刻・Web打刻
  • 細かなカスタマイズ
  • GPS打刻(位置情報記録)
TeamSpirit勤怠

TeamSpirit勤怠

株式会社チームスピリット
出典:TeamSpirit勤怠 https://www.teamspirit.com/am/
参考価格
24,000
円~
トライアルあり
IT導入補助金対象
上場企業導入実績あり

TeamSpiritは、株式会社チームスピリットが提供するクラウド型の勤怠・工数・経費精算一体型サービスです。「大手優良企業様を中心に国内2,200社以上」に導入されており、Salesforceをプラットフォームとして構築されているため、Salesforceを利用する企業との親和性が高いことが特徴です。

固定労働制・フレックスタイム制・裁量労働制・変形労働制・シフト制すべての勤務形態に対応しており、TeamSpirit Enterpriseではグループ会社ごとに異なる就業規則や勤務体系を個別に設定して一元管理できます。

主な機能
  • ICカード打刻
  • PC打刻・Web打刻
  • GPS打刻(位置情報記録)
  • 自動連携できる給与計算システムあり
Time-3X

Time-3X

三井E&Sシステム技研株式会社
出典:Time-3X https://www.msr.co.jp/time3/
参考価格
お問い合わせ

TIME-3Xは、三井E&Sシステム技研株式会社が提供する大企業向け勤怠管理システムです。造船・機械といった大手製造業のノウハウを基に開発されており、日勤・夜勤・交代制勤務など複雑なシフト管理と工数管理の連携に強みを持ちます。

複雑な勤務パターンが混在する製造業・小売業・運輸業の大企業に向いており、勤怠管理と工数管理を連携させることで「誰が」「どの作業に」「何時間かけたか」を正確に把握でき、製造原価の見える化にも活用できます。

主な機能
  • ICカード打刻
  • PC打刻・Web打刻
  • GPS打刻(位置情報記録)
  • フレックスタイム制への対応
最適なサービスをプロが選定します!
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大企業が勤怠管理システムを選ぶポイント

大企業がシステムを選定する際は、以下のポイントを確認してください。
大企業が勤怠管理システムを選ぶポイント

自社の勤務形態をすべてカバーできるか

フレックスタイム制・裁量労働制・変形労働時間制・シフト勤務など、自社で使っている勤務形態をリストアップしたうえで、対応しているか確認しましょう。公式サイトの機能一覧だけでは実際の設定の細かさまでわからないことが多いため、デモ環境で実際に自社のルールを再現できるか試すことが重要です。
確認時には「部門ごとに異なる勤務形態を同一システム内で並行管理できるか」「例外的な勤務パターン(半日フレックス、コアタイムなしなど)に対応できるか」を具体的に問い合わせてください。どの設定画面でどう設定するかをデモで見せてもらうことで、実態を把握できます。

複数拠点・複数就業規則の管理範囲

拠点ごとに異なる就業規則・36協定・時差を1つのシステムで管理できるかは、大企業にとって最重要の確認事項の一つです。ただし「対応可能」と言われても、その方法がパラメータ設定(自社でできる)なのか、個別カスタマイズ(ベンダーへの追加発注が必要)なのかで、コストと運用負荷が大きく変わります。
見積もりの際は「就業規則を何パターンまで設定できるか」「追加設定に費用が発生するか」を必ず数値で確認してください。また、法改正や労使協定の更新時に自社で設定変更できるか、それともベンダー対応が必要かも重要な判断基準です。

大規模組織でのデータ処理性能とセキュリティ

数千〜数万人規模のデータを問題なく処理できるかは、月末・締め日など処理が集中するタイミングに影響が出やすいポイントです。「同規模の導入実績があるか」「ピーク時の処理速度についてSLA(サービス品質の保証水準)があるか」を確認しましょう。
自社のセキュリティポリシーに照らして「IPアドレス制限・シングルサインオン(SSO)・アクセスログの保存期間」などの要件を満たせるかをIT部門と連携して事前に確認しておくと、導入後のトラブルを防げます。大企業では情報セキュリティ部門による審査が導入条件になるケースが多いため、回答実績があるかどうかも確認ポイントになります。

人事・給与・ERPとの連携実績

大企業では勤怠データを給与計算・人事評価・ERPと自動連携させることが前提になります。ここで確認すべきは「連携できるか」ではなく、「自社が使っている具体的なシステムとの連携実績があるか」です。APIで接続できると説明されても、実際の連携開発に多大な工数がかかるケースがあります。
確認時には「自社のERPシステムとの連携実績はあるか」「連携開発が必要な場合の費用と期間の目安はどれくらいか」を具体的に聞きましょう。連携実績がある場合は導入事例も合わせて見せてもらうと、どのデータをどこまで自動連携できるか把握しやすくなります。

導入サポートと専任担当者体制

大企業への導入は、要件定義・設定・データ移行・テスト・従業員への展開まで、数カ月にわたる大規模プロジェクトになります。営業担当と導入担当が別チームになっているベンダーも多く、契約後に担当者が変わってコミュニケーションがスムーズにいかなくなるケースも珍しくありません。
事前に「導入プロジェクトの体制図を見せてもらう」「専任のプロジェクトマネージャーがつくか」「導入後の問い合わせ窓口と応答時間のSLAはどうなっているか」を確認しておきましょう。また、同規模・同業種の導入事例を紹介してもらい、参照先企業に直接話を聞く機会を設けることができると、実際のサポート品質を把握する手がかりになります。

まとめ

本記事では、「①大企業向けと公式明示」「②複数勤務形態への対応」「③多拠点・複数就業規則の一元管理」の3軸をすべて満たす勤怠管理システムをおすすめ7選として紹介しました。
大企業での勤怠管理システム選定は、自社の勤務形態の複雑さと、複数就業規則の管理要件を整理することが出発点になります。まずは複数のシステムに問い合わせて要件ヒアリングやデモを依頼し、自社に合ったシステムを選定してください。
最適なサービスをプロが選定します!
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著者
人事DX最強ナビ編集部
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