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中小企業向け勤怠管理システムおすすめ7選!選び方・比較ポイントも解説

更新日 2026年06月18日
中小企業向け勤怠管理システムとは
「勤怠管理システム」は、人手不足・法改正対応・コスト削減という中小企業の3つの課題を一度に解決できるツールとして導入が進んでいます。本記事では、中小企業向けのおすすめ勤怠管理システム7選を比較表付きで紹介します。
この記事の要点

中小企業が勤怠管理システムを導入すべき理由

勤怠管理システムなど、各種ツールの導入に消極的な中小企業は少なくありません。ただ中小企業こそ、勤怠管理システムの導入効果が高いといえます。大企業と比べてリソースが限られているからこそ、自動化による工数削減の恩恵が大きく出るからです。
特に以下の3つの理由が、中小企業での導入を後押ししています。
つまり、人手不足で足りない手を補うことができるのが勤怠管理システムになります。最初は慣れないかもしれませんが、2年…3年…と紙やExcelだけで管理する体制を続けていると、必ずどこかで破綻します。既に限界を感じているなら、思い切って導入した方がかえって色々な費用を削減できるでしょう。

中小企業におすすめの勤怠管理システム7選

中小企業におすすめの勤怠管理システムを費用や特徴などから7製品ピックアップして比較表にしました。

中小企業向け勤怠管理システムとは?

中小企業向け勤怠管理システムとは
中小企業向け勤怠管理システムとは、従業員数が数名から数十名規模の企業でも、コストや運用負担をかけずに導入・継続できるシステムのことです。中小企業向けの勤怠管理システムのポイントとしては「中小企業向けの設計・サポートが整っているか」「月額コストが現実的か」「少人数からでも導入できるか」の3つから判断できます。

サービス名

月額料金

最低利用

特徴

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中小企業におすすめの勤怠管理システム7選

比較表で紹介した中小企業におすすめの7サービスを詳しく紹介します。
HRMOS勤怠

HRMOS勤怠

株式会社ビズリーチ
出典:HRMOS勤怠 https://hrmos.co/kintai/
参考価格
無料
無料プランあり
トライアルあり
IT導入補助金対象
上場企業導入実績あり

HRMOS勤怠は、株式会社ビズリーチが提供するクラウド型の勤怠管理システムです。初期費用0円で導入できるほか、30名以下の企業向け無料プランを提供しており、低コストで勤怠管理を始められます。

HRMOS勤怠の特徴は、必要な機能を手軽に利用できる料金体系です。出退勤管理や残業管理、有給休暇管理など、勤怠管理に必要な機能を備えており、紙やExcelによる管理からスムーズに移行できます。また、法改正への対応機能も提供されています。

まずは基本機能が揃った勤怠管理システムを低コストで導入したい中小企業におすすめです。

主な機能
  • ICカード打刻
  • PC打刻・Web打刻
  • 静脈認証打刻
  • GPS打刻(位置情報記録)
ジョブカン勤怠管理

ジョブカン勤怠管理

株式会社DONUTS
出典:ジョブカン勤怠管理 https://jobcan.ne.jp/
参考価格
無料
無料プランあり
トライアルあり
IT導入補助金対象
上場企業導入実績あり

ジョブカン勤怠管理は、株式会社DONUTSが提供する勤怠管理システムです。シリーズ累計20万社以上の導入実績を持ち、さまざまな業種・規模の企業で利用されています。

ジョブカン勤怠管理の特徴は、ジョブカンシリーズとの連携によってバックオフィス業務をまとめて効率化できる点です。勤怠管理だけでなく、給与計算や労務管理などのサービスも提供しており、企業の成長に合わせて利用範囲を広げられます。また、多様な勤務形態や就業ルールにも対応しています。

将来的に給与計算や労務管理までシステム化したい中小企業におすすめです。

主な機能
  • ICカード打刻
  • PC打刻・Web打刻
  • 静脈認証打刻
  • GPS打刻(位置情報記録)
CLOUZA

CLOUZA

アマノビジネスソリューションズ株式会社
出典:CLOUZA https://clouza.jp/
参考価格
200
/ユーザー
トライアルあり
IT導入補助金対象

CLOUZAは、アマノビジネスソリューションズ株式会社が提供するクラウド型勤怠管理システムです。初期費用不要で導入できるほか、シンプルな設計を特徴としています。

CLOUZAの特徴は、誰でも使いやすいシンプルな操作性と低コストで導入しやすい点です。パソコンやスマートフォンから打刻できるため、専用機器を用意せずに運用を開始できます。また、勤怠管理機器メーカーとして実績のあるアマノグループが提供している点も特徴です。

できるだけシンプルな操作性と導入しやすさを重視したい中小企業におすすめです。

主な機能
  • ICカード打刻
  • PC打刻・Web打刻
  • GPS打刻(位置情報記録)
  • 自動連携できる給与計算システムあり
freee勤怠管理Plus

freee勤怠管理Plus

freee株式会社
出典:freee勤怠管理Plus https://www.freee.co.jp/time-tracking-plus/
参考価格
300
/ユーザー
IT導入補助金対象

CLOUZAは、アマノビジネスソリューションズ株式会社が提供するクラウド型勤怠管理システムです。初期費用不要で導入できるほか、シンプルな設計を特徴としています。

CLOUZAの特徴は、誰でも使いやすいシンプルな操作性と低コストで導入しやすい点です。パソコンやスマートフォンから打刻できるため、専用機器を用意せずに運用を開始できます。また、勤怠管理機器メーカーとして実績のあるアマノグループが提供している点も特徴です。

できるだけシンプルな操作性と導入しやすさを重視したい中小企業におすすめです。

主な機能
  • ICカード打刻
  • PC打刻・Web打刻
  • 静脈認証打刻
  • GPS打刻(位置情報記録)
KING OF TIME

KING OF TIME

株式会社ヒューマンテクノロジーズ
出典:KING OF TIME http://www.kingtime.jp/
参考価格
300
/ユーザー
トライアルあり
IT導入補助金対象
上場企業導入実績あり

KING OF TIMEは、株式会社ヒューマンテクノロジーズが提供する勤怠管理システムです。幅広い業種・規模の企業で利用されており、多様な働き方に対応しています。

KING OF TIMEの特徴は、勤怠管理だけでなく、人事労務や給与計算まで含めて一元管理できる点です。従業員情報や勤怠データをまとめて管理できるため、複数のシステムを使い分ける必要がありません。また、ICカードや生体認証、スマートフォンなど多様な打刻方法にも対応しています。

将来的な従業員増加を見据えながら、勤怠管理だけでなく人事労務や給与管理まで一元化したい中小企業におすすめです。

主な機能
  • 勤務希望・休み希望の収集
  • ICカード打刻
  • PC打刻・Web打刻
  • 提出のリマインド
タッチオンタイム

タッチオンタイム

株式会社デジジャパン
出典:タッチオンタイム https://www.kintaisystem.com/
参考価格
300
/ユーザー
トライアルあり
IT導入補助金対象
上場企業導入実績あり

タッチオンタイムは、株式会社デジジャパンが提供するクラウド勤怠管理システムです。多くの企業で導入されており、出退勤管理から勤怠集計までをクラウド上で行えます。

タッチオンタイムの特徴は、豊富な打刻方法とサポート体制です。ICカードや指静脈認証、顔認証、スマートフォン、PCなどさまざまな打刻方法に対応しているため、自社の運用に合わせて利用できます。また、サポート体制にも力を入れており、勤怠管理システムを初めて導入する企業でも運用を進めやすいサービスです。

勤怠管理システムの導入経験がなく、サポートを受けながら運用を定着させたい中小企業におすすめです。

主な機能
  • ICカード打刻
  • PC打刻・Web打刻
  • 静脈認証打刻
  • GPS打刻(位置情報記録)
キンコン

キンコン

株式会社ソウルウェア
出典:キンコン https://www.kincone.com/
参考価格
200
/ユーザー
トライアルあり

キンコンは、株式会社ソウルウェアが提供する勤怠管理システムです。交通系ICカードを活用した打刻機能を備えており、営業職や外回りの多い企業を中心に利用されています。

キンコンの特徴は、勤怠管理と交通費精算をまとめて効率化できる点です。交通系ICカードによる打刻と移動履歴を活用することで、勤怠情報と交通費データを連携して管理できます。そのため、勤怠管理だけでなく経費精算業務の負担軽減にもつながります。

営業担当者や訪問スタッフが多く、勤怠管理と交通費精算を同時に効率化したい中小企業におすすめです。

主な機能
  • ICカード打刻
  • PC打刻・Web打刻
  • GPS打刻(位置情報記録)
  • 自動連携できる給与計算システムあり
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中小企業が勤怠管理システムを選ぶ際のポイント

数多くのサービスの中から自社に合ったシステムを選ぶために、以下の5つのポイントを確認しましょう。

低コストで導入できるか

月額料金だけでなく、初期費用・オプション費用・打刻端末の費用を含めたトータルコストで比較することが重要です。「月額200円/人」と表示されていても、最低利用人数が設定されていたり、必要な機能がオプション扱いになっていたりするケースがあります。
まず料金ページで「①月額単価×自社の従業員数」「②初期費用」「③自社に必要な機能がオプション扱いかどうか」「④打刻端末が必要な場合の端末費用」4点を足し算して年間総コストを試算してみましょう。問い合わせて見積もりする前に、分かる料金と分からない料金を判別しておくことが重要です。
また、無料トライアル中に「このプランで使える機能の一覧」を必ず確認し、契約後に「この機能は上位プランだった」とならないよう注意しましょう。

操作が簡単かどうか

中小企業では、総務・経理・労務を一人で兼任している担当者も多く、システムの設定や操作に時間をかけられないのが実情です。選定の際は、必ず無料トライアルで管理者側の操作と従業員側の打刻操作の両方を試してください。
導入前に、まずは自分で打刻操作をゼロから試してみることが大切です。スマホで打刻するまでに何ステップかかるかを数え、3タップ以内で完了するかを目安にしてください。次に、ITに不慣れな社員(パートや年配の従業員)に実際に試してもらい、「説明なしでできるか」を確かめるのが最も実態に即した判断方法です。操作で詰まった箇所はそのままサポートへの問い合わせ材料にもなります。

自社の就業体系に対応しているか

勤怠管理システムは製品によって対応している就業ルールが異なります。シフト制・フレックスタイム制・裁量労働制・変形労働時間制など、自社の雇用形態に対応しているかを導入前に確認しましょう。特にパート・アルバイトの雇用が多い場合、シフト管理機能が別料金のオプションになっていないかは盲点になりやすい点です。
確認の手順として、まず自社の就業形態を書き出してください(例:正社員は固定時間、パートはシフト制、一部フレックスあり、など)。その一覧をもとに、候補サービスの問い合わせフォームや電話窓口で「こういう就業体系はシステム上で設定できますか?」と具体的に聞くのが確実です。
料金ページだけでは判断できない場合がほとんどなので、トライアル中に実際にシフトや勤務パターンを設定してみて、自社の形態が再現できるか必ず確かめましょう。

法改正に自動対応しているか

勤怠管理に関わる法律は頻繁に改正されます。2023年4月には中小企業の残業割増賃金率が50%に引き上げられ、今後も法改正が続く見込みです。これに合わせてシステムの設定を手動で変更する必要があると、専任担当者のいない中小企業には大きな負担になります。
確認の方法は、候補サービスのサポートや営業担当に「割増賃金率の改正時に、自動でシステムが更新されましたか?それとも利用者側での設定変更が必要でしたか?」と直接聞いてみてください。
答え方で、実際の法改正対応の手厚さがわかります。サービスページに「法改正自動対応」と書いてあっても、内容によっては一部手動対応が必要なケースもあるため、具体的に確認することを推奨します。

サポート体制は充実しているか

はじめての導入では、初期設定やマスタ登録の段階でわからないことが必ず出てきます。そのとき「メール問い合わせのみで返答に数日かかる」では業務が止まってしまいます。
そのため、無料トライアル中に意図的にサポートへ問い合わせてみてください。「〇〇の設定はどうすればいいですか?」といった初歩的な質問でかまいません。返答までの速さ・回答のわかりやすさ・電話対応の有無を実際に体験することで、契約後のサポートの質をある程度把握できます。
また、サポート対応時間が「平日9〜18時のみ」の場合、早番・遅番・深夜シフトのある職場では困ることもあるため、自社の業態と対応時間が合っているかも確認しておきましょう。

中小企業に多い勤怠管理の課題と解決策

中小企業が勤怠管理システムを導入することで解決できる課題としては以下のようなものがあります。

よくある課題

解決策

課題のどれかひとつでも当てはまるものがある場合は、勤怠管理システムの導入を検討してみてもいいでしょう。

まとめ

中小企業向けの勤怠管理システムは、コストや操作の簡単さ、法改正への対応範囲やサポート体制などで選ぶのがポイントです。HRMOS勤怠(30名以下無料)、ジョブカン勤怠管理(月額200円〜)など、中小企業でも手軽に導入できるサービスが充実しています。
まずは無料トライアルで実際の使い勝手を確認してから、自社に最適なシステムを選びましょう。IT導入補助金を活用すれば、さらに費用を抑えて導入できるでしょう。
最適なサービスをプロが選定します!
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著者
人事DX最強ナビ編集部
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