勤怠管理システムとは？機能・メリット・デメリット・選び方を徹底解説
更新日 2026年06月16日
勤怠管理システムとは従業員の出退勤時刻・残業時間・有給休暇取得状況などの勤怠データを電子的に記録・集計・管理するためのソフトウェアです。従業員の増加や働き方の多様化、相次ぐ法改正への対応が求められる中、手作業での勤怠管理だと工数が増え続けてしまいます。ただ、システムに移行するとしても、どんなことができるのか？できないのか？どんなデメリットがあるのか？など想像しづらく、なかなか導入に踏み切れない方もいると思います。
この記事では、「勤怠管理システムとは何か」をはじめ、種類・主な機能・メリット・デメリット・選び方・導入事例まで徹底解説。勤怠管理システムの基礎をまとめています。システム選びに迷いがある方、まずは概要から知りたい方はぜひ、記事を参照ください。
勤怠管理システムとは
勤怠管理システムとは、従業員の出退勤時刻・残業時間・有給休暇取得状況などの勤怠データを電子的に記録・集計・管理するためのソフトウェアです。
従来は紙の出勤簿やタイムカードを目視確認して手動で集計するのが一般的でしたが、労働関連法の改正やテレワークの普及により、より正確かつ効率的な管理が求められるようになりました。勤怠管理システムを活用することで、管理業務の自動化・効率化が実現します。
従来の管理方法（紙・Excel）との違い
紙やExcelによる勤怠管理は、データ入力の手間や集計ミスが起きやすいという課題があります。一方、勤怠管理システムでは打刻と同時にデータが自動で記録・集計されるため、担当者の工数を大幅に削減できます。
特に差が出るのは月末の集計作業です。紙・Excelでは数十〜数百人分のデータを一件ずつ確認する必要がありますが、システムを使えばリアルタイムで全員の勤怠状況を把握できます。残業アラートや有給取得率の自動通知など、法対応の仕組みが組み込まれている点も大きな違いです。
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勤怠管理システムの種類
勤怠管理システムは、主に「クラウド型」と「オンプレミス型」の2種類に分かれます。それぞれの特徴を理解して、自社に合ったタイプを選びましょう。
クラウド型
現在の中小～中堅企業での主流です。クラウド型は、インターネット経由でサービスを利用する形式です。初期費用を抑えて導入できるほか、スマートフォンやタブレットからでもアクセスできるため、テレワークや外出先での打刻にも対応しやすい特徴があります。
システムのアップデートはベンダー側が行うため、法改正に対して会社側で設定を変える必要はありません。従業員数×月額利用料という料金体系が多く、1ユーザーあたり300〜500円程度が相場です。
オンプレミス型
オンプレミス型は、自社のサーバーにシステムを構築して運用する形式です。社内ネットワーク内で完結するためセキュリティ管理がしやすく、既存の基幹システムとの連携やカスタマイズを柔軟に行える点が強みです。
一方で、初期費用が数十〜数百万円と高くなる傾向があり、保守・運用のコストも継続的に発生します。従業員数が多い大企業や、セキュリティポリシー上クラウドが使えない企業に向いています。
勤怠管理システムの主な機能
勤怠管理システムには多彩な機能が搭載されています。ここからは、代表的な7つの機能を詳しく解説します。
打刻機能
出退勤時刻をデジタルで記録する基本機能です。ICカード・スマートフォン・PC・指静脈・顔認証・GPSなど、多様な打刻方法に対応しているシステムが増えています。テレワーク社員はスマートフォンアプリで打刻、工場スタッフはICカードで打刻、外出営業はGPS打刻を利用するなど、勤務形態に合わせて打刻方法を使い分けることが可能です。労働時間の客観的把握義務（2019年4月〜）への対応においても、適切な打刻機能の選択が重要です。
勤怠情報の自動集計
打刻データをもとに、日次・月次の労働時間・残業時間・深夜労働時間・遅刻・早退などを自動で集計する機能です。手動集計の手間と転記ミスをゼロにできます。フレックスタイム制・変形労働時間制・みなし労働時間制など、複雑な就業ルールにも対応できるシステムが増えており、給与計算ソフトとのデ ータ連携機能が充実しているのが特徴です。
休暇・有給管理
年次有給休暇の残日数・取得履歴・取得率を管理する機能です。2019年4月に施行された「年5日の有給休暇取得義務」への対応において、この機能は特に重要です。有給残日数の自動表示・取得期限アラート・管理簿の自動作成といった機能により、人事担当者の管理負荷を大きく軽減できます。
申請・承認ワークフロー
残業申請・休暇申請・打刻修正申請などを、システム上で電子的に完結させる機能です。紙の申請書や口頭での承認依頼が不要になります。承認状況がリアルタイムで確認でき、未承認案件の通知機能も搭載しているシステムが多いため、承認漏れを防ぎやすくなります。
残業アラート
月間残業時間が一定の閾値を超えたタイミングで、担当者や管理職に自動通知する機能です。36協定の上限時間（原則月45時間）に近づいた段階でアラートを送ることができます。労働時間の上限規制（月100時間未満・2〜6か月平均80時間以内等）への違反リスクを事前に把握できるため、法令コンプライアンスの向上に直結します。
シフト管理
パートタイムやアルバイトが多い小売・飲食・医療などの業種では特に重要な機能です。シフトの作成・配布・変更がシステム上で完結し、勤怠データと紐づけて管理できます。
他システム連携
給与計算ソフト・人事労務システム・経費精算ツール・入退室管理システムなどと連携する機能です。連携により勤怠データの二重入力が不要になり、ヒューマンエラーのリスクを低減できます。CSVによるデータ連携と、APIによるリアルタイム連携の2種類があります。
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勤怠管理システムを導入するメリット
勤怠管理システムには多くのメリットがあります。以下に主な5つを解説します。
業務効率化・コスト削減
勤怠管理システムを導入することで、月末の集計作業や申請書の処理といった定型業務を大幅に自動化できます。人事担当者が毎月費やしていた集計工数を、他の業務に充てられるようになります。
たとえば従業員100名の企業では、月次集計に年間数百時間を費やしているケースもあります。システム化により、この工数を最大8割削減できると試算している企業もあります。人件費コストの削減効果は、システムの利用料を大きく上回ることが一般的です。
法令遵守の確保
勤怠管理システムは、労働関連法への対応を自動化する点でも大きな価値を発揮します。残業時間の上限超過アラート・有給取得率の管理・36協定の上限監視など、コンプライアンス対応に必要な機能が標準搭載されています。クラウド型のシステムは法改正に合わせてベンダー側が自動アップデートするため、担当者が法改正のたびにルールを手動変更する手間も省けます。
不正打刻の防止
紙のタイムカードやハンコ管理では、代わりに押印する「なりすまし打刻」が発生しやすい問題がありました。勤怠管理システムでは指静脈認証・顔認証・GPS打刻などを活用することで、本人以外の打刻を物理的に防止できます。不正打刻による給与過払いのリスクを排除できるとともに、従業員側にとっても「正確に記録されている」という安心感につながります。
リアルタイムな勤怠確認
管理職がダッシュボードからリアルタイムで部署全体の勤怠状況を確認できます。誰が残業中か・誰が有給取得残日数ゼロに近いかなどを即座に把握できるため、早めのフォローが可能になります。
テレワーク・多様な働き方への対応
テレワーク・フレックスタイム・裁量労働制・時差出勤など、働き方の多様化に柔軟に対応できる点も重要なメリットです 。スマートフォンアプリやWeb打刻により、オフィス外からでも正確な勤怠記録が可能になります。
勤怠管理システムのデメリット・注意点
メリットが多い一方で、導入前に把握しておきたいデメリットもあります。以下の3点に注意してください。
導入コストがかかる
システムの導入には初期費用（設定・導入サポート・機器購入など）と月額利用料が発生します。PRONIアイミツSaaSが1,000名を対象に実施した調査によると、初期費用のボリュームゾーンは5万〜20万円未満、月額は1ユーザーあたり300〜499円が最多でした。
ただし、人事担当者の集計工数削減による人件費削減効果を加味すると、多くのケースで費用対効果はプラスになります。「クラウド型なら初期費用0円」と思われがちですが、実際には7割以上の企業が何らかの初期費用を支払っているため、事前に見積もりを取ることをおすすめします。
操作習得に時間がかかる
新システムの導入時には、管理者・従業員ともに操作に慣れるまでの学習コストが発生します。特に、ITリテラシーに差のある従業員が多い職場では、初期サポートに時間がかかる場合があります。サポート体制（電話・チャット・マニュアル・導入研修）が充実しているベンダーを選ぶことで、この問題を軽減できます。
自社の就業規則に対応できない場合がある
複雑なシフト体系・独自の手当計算・特殊な労働時間制など、自社固有の就業ルールがシステムの標準機能でカバーしきれないケースもあります。事前にデモ環境で確認するか、カスタマイズ対応の可否をベンダーに確認することを推奨します。対応が難しそうなら、クラウド型ではなくオンプレミス型で依頼するのも手です。
勤怠管理システムの選び方
数多くのシステムの中から自社に合ったものを選ぶには、以下の6つのポイントを確認しましょう。
自社の従業員規模・雇用形態に合っているか
勤怠管理システムには、小規模向け（30名以下）から大企業向け（1,000名以上）まで、ターゲット規模が異なる製品があります。また、正社員のみの管理か、パート・アルバイト・業務委託も含めて管理するか によって、必要な機能が変わります。特にパートタイムが多い企業はシフト管理機能が充実しているシステムを、外回りが多い企業はGPS打刻に対応しているシステムを選ぶと効果的です。
必要な打刻方法に対応しているか
打刻方法は、PC・スマートフォン・ICカード・指静脈・顔認証・GPSなど多様です。自社の勤務形態に合った打刻方法をサポートしているかを必ず確認しましょう。たとえばテレワーク中心の企業であれば、スマートフォン打刻とIPアドレス制限が両立できるシステムが適しています。工場など固定勤務の企業は、ICカードや顔認証による打刻が適しています。
法改正に自動対応しているか
労働関連法は頻繁に改正されます。クラウド型のシステムは法改正に合わせてベンダー側が自動アップデートを行うため、常に最新の法令に対応できます。オンプレミス型の場合は、アップデートの費用や頻度を事前に確認しておきましょう。
給与計算システムと連携できるか
勤怠データを給与計算に活用するためには、既存の給与計算ソフトとの連携が不可欠です。代表的な連携先（マネーフォワード・弥生給与・freee給与など）との対応状況について確認しましょう。
また連携方法が、CSVでのデータ出力による手動連携か、APIによるリアルタイム自動連携かによっても、担当者の工数が大きく変わります。基本的にはAPI連携できるシステムを優先した方がいいでしょう。
サポート体制は充実しているか
導入初期の設定サポート・運用中のトラブル対応・法改正時のガイダンスなど、サポート体制の充実度は長期的な利用満足度に直結します。チャットサポート・電話サポート・ヘルプページの整備状況を事前に確認しましょう。
コストパフォーマンス
月額費用だけでなく、初期費用・オプション費用・ハードウェア費用・保守費用を含めたトータルコストで比較することが重要です。無料プランや無料トライアルを活用して、実際の使い勝手を確認してから契約するのがおすすめです。
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勤怠管理システムの導入事例
実際にシステムを導入した企業の事例を紹介します。自社に近いケースを参考にしてください。
株式会社チョッパー（従業員20名・飲食・サービス業）の事例
株式会社チョッパーは従業員20名の小規模なサービス業です。勤怠・給与・契約の各業務が手作業中心で担当者の負担になっていましたが、KING OF TIMEを導入することで給与業務を67%、契約業務を75%削減することに成功しました。
「小規模だから大掛かりなシステムは不要」と思いがちですが、同社の事例が示すように、少人数だからこそ一人ひとりの業務負担を軽減する効果が大きく出ます。勤怠管理を自動化することで、本来の業務に集中できる環境が整いました。
株式会社ニッケ物流（運輸・物流）の事例
繊維産業向けの物流を手がける株式会社ニッケ物流では、紙中心の拠点間情報共有が業務のボトルネックになっており、経理締め作業に約2週間、給与計算にも多くの工数がかかっていました。freee勤怠管理Plusをはじめとするfreeeシリーズを導入してペーパーレス化を進めた結果、経理締め作業を15日から7営業日に短縮、給与計算を3営業日以内で完結、業務時間を月256時間削減することに成功しました。
物流業のように多拠点・現場スタッフが多い企業では、紙の集計作業がそのまま管理コストになりがちです。勤怠データをクラウドで一元化することで、拠点をまたいだ情報連携がリアルタイムになり、経理・給与担当者の負担を大きく下げることができます。
株式会社HEXEL Works（IT・情報通信）の事例
IT企業の株式会社HEXEL Worksでは、各部署がExcelで勤怠集計を行っており、1回の集計に4時間を費やしていました。ハーモス勤怠を導入したことで、ボタン一つでCSVデータの出力が可能となり、取りまとめにかかる工数を大幅に削減することができました。
テレワークが定着したIT業界では、クラウド型の勤怠管理システムがとくに効果を発揮します。場所を問わず打刻・申請・承認が完結するため、分散したチームの勤怠を一元管理できます。
勤怠管理システムの導入の流れ
勤怠管理システムの導入は、大きく4つのステップで進めます。
STEP1：要件定義・目的の明確化
まず「何を解決したいのか」を明確にします。集計工数の削減・法令対応・不正打刻防止・テレワーク対応など、優先したい課題を洗い出しましょう。従業員規模・雇用形態・就業パターン・既存システムとの連携要件も整理しておくと、比較検討がスムーズになります。
STEP2：システム選定・比較
要件に合ったシステムを3〜5社に絞り込み、デモや無料トライアルで実際の操作感を確認します。費用・機能・サポート体制を総合的に比較して選定しましょう。
STEP3：テスト導入
特定の部門やチームを対象に先行導入し、運用上の問題点や就業規則との整合性を確認します。問題があれば設定を調整してから全社展開に進みます。
STEP4：本格稼働
全社展開後は、従業員向けの操作説明会やマニュアル配布を行い、定着をサポートします。最初の1〜2か月は問い合わせが集中しやすいため、担当窓口を明確にしておくと安心です。
勤怠管理システム導入で使える補助金
勤怠管理システムの導入コストを抑えたい場合、補助金・助成金の活用がおすすめです。主に以下の3制度が利用可能です。
- デジタル化・AI導入補助金（旧IT導入補助金）：2026年にIT導入補助金から名称変更された、中小企業・小規模事業者向けの補助金制度。勤怠管理システムも対象となります。補助率は1/2〜最大4/5、補助上限は最大450万円です。
- 働き方改革推進支援助成金：労働時間の適正管理や生産性向上に取り組む中小企業向けの助成金。勤怠管理システムの導入が対象になるケースがあります。
- 業務改善助成金：最低賃金の引き上げと業務効率化を同時に図る中小企業向けの助成金。ITシステム導入費用が助成対象となります。
各補助金には申請期間・対象要件・補助額の上限があります。詳細は関連記事や公式サイトでご確認ください。
まとめ
勤怠管理システムとは、従業員の勤怠データを自動で記録・集計・管理するツールです。手作業の工数削減・法令遵守・不正打刻防止・テレワーク対応など、多くのメリットをもたらします。
選定の際は、自社の従業員規模・ 打刻方法・既存システムとの連携・サポート体制を軸に比較検討してください。まずは無料トライアルや資料請求から始めると、自社に合ったシステムが見つかりやすくなります。
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勤怠管理システムの導入は初めてですか？
著者
人事DX最強ナビ編集部
「人事DX最強ナビ」は、10万件以上のDX相談実績を誇る、国内最大級のB2Bマッチングプラットフォーム「PRONIアイミツSaaS」が運営する人事特化のDXメディアです。人事・労務の現場で役立つSaaSの比較・おすすめ情報などを、専門スタッフが厳選してお届けします。
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