勤怠管理システムの法改正対応｜2026年最新動向・労基法のルールを解説

2026年は勤務間インターバル制度や連続勤務日数の制限などが議論されていますが、検討段階の内容と現行の法的義務は区別する必要があります。

人事・労務担当者にとって、法改正によって何が変わるのか、現在の管理方法やシステムで対応できるのか、判断が難しい場合もあるでしょう。

本記事では、2026年の法改正の最新動向や労働基準法に基づく勤怠管理のルール、企業が取るべき対策を解説します。さらに、法令対応に役立つ勤怠管理システムの機能や選び方も紹介します。

2026年は、勤務間インターバル制度や連続勤務規制など、労働時間に関する制度の見直しが議論されています。ただし、検討中の事項がすべて法改正として決定されたわけではありません。企業は制度の施行状況を正確に把握し、自社の勤怠管理に必要な対応を検討することが重要です。

今後の制度変更によっては、労働時間の集計方法や勤務スケジュールの管理に影響する可能性があります。人事・労務担当者は、法改正の成立・施行状況を確認し、現行制度で必要な対応と将来的な見直し事項を分けて整理することが大切です。

※ 出典：厚生労働省「第211回労働政策審議会労働条件分科会（資料）」
https://www.mhlw.go.jp/stf/newpage_76187.html

※ 出典：厚生労働省「労働基準関係法制研究会報告書 概要」
https://www.mhlw.go.jp/content/11201250/001378513.pdf

仮に義務化された場合、企業は従業員ごとの終業・始業時刻を把握し、必要な休息時間が確保されているか確認する運用が求められる可能性があります。特に、残業やシフト勤務によって勤務間隔が短くなりやすい企業では、勤怠記録の確認方法やシフト作成ルールへの影響が考えられます。ただし、具体的な休息時間や例外措置は、今後の制度設計を確認する必要があります。

※ 出典：厚生労働省「勤務間インターバル制度とは」
https://work-holiday.mhlw.go.jp/interval/

※ 出典：厚生労働省「労働基準関係法制研究会報告書 概要」
https://www.mhlw.go.jp/content/11201250/001378513.pdf

これらの見直しが実現した場合、企業では連続勤務日数の確認や休日の指定・変更方法など、勤怠管理の運用を見直す必要が生じる可能性があります。特に、シフト制や休日出勤が多い職場では、勤務予定と実際の出勤状況を照合できる管理体制が重要になります。ただし、13日という上限や法定休日の特定義務は、現時点で新たな法的義務として確定したものではありません。

※ 出典：厚生労働省「労働基準関係法制研究会報告書 概要」
https://www.mhlw.go.jp/content/11201250/001378513.pdf

※ 出典：厚生労働省「2025年6月6日 第199回労働政策審議会労働条件分科会 議事録」
https://www.mhlw.go.jp/stf/newpage_59422.html

※ 出典：厚生労働省「2025年10月27日 第204回労働政策審議会労働条件分科会 議事録」
https://www.mhlw.go.jp/stf/newpage_66496.html

企業は、労働基準法などの法改正によって定められたルールを把握し、労働時間や休日、有給休暇などを適切に管理する必要があります。特に、働き方改革関連法では時間外労働の上限規制や年5日の年次有給休暇取得義務などが導入され、勤怠管理に求められる対応が強化されました。

ここでは、主な法改正の内容と、現在企業が遵守すべき勤怠管理のルールを解説します。

臨時的な特別の事情があり、特別条項付き36協定を締結した場合でも、以下の上限を守る必要があります。

なお、一部の業種・業務には異なる規制が適用されます。企業は36協定で定めた時間と法令上の上限を把握し、従業員ごとの残業時間を適切に管理する必要があります。

※ 出典：厚生労働省「時間外労働の上限規制」
https://hatarakikatakaikaku.mhlw.go.jp/overtime.html

従業員が自ら取得した日数や計画年休で取得した日数も、年5日の取得義務に算入できます。不足する場合は、従業員の意見を聴いたうえで企業が取得時季を指定しなければなりません。また、従業員ごとに年次有給休暇管理簿を作成し、適切に保存することも必要です。取得漏れを防ぐため、付与日・取得日数・残日数を継続的に管理することが重要です。

※ 出典：厚生労働省「年次有給休暇の時季指定」
https://hatarakikatakaikaku.mhlw.go.jp/salaried.html

自己申告による管理を行う場合も、実際の勤務状況との乖離がないか確認し、必要に応じて補正することが重要です。特に、打刻記録とパソコンの使用時間などに差がある場合は、実態を確認する必要があります。労働時間を適切に把握することは、残業時間の上限管理や未払い残業代の防止にもつながります。

※ 出典：厚生労働省「労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置に関するガイドライン」
https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/koyou_roudou/roudoukijun/roudouzikan/070614-2.html

※ 出典：厚生労働省「労働時間の適正な把握方法について教えて下さい。」
https://www.check-roudou.mhlw.go.jp/qa/roudousya/roudoujikan/q5.html

休憩時間は従業員が自由に利用できる必要があり、電話対応や来客対応などを指示されている時間は、労働時間に該当する場合があります。また、シフト勤務や休日出勤がある企業では、法定休日の確保や休憩の取得状況を適切に確認することが重要です。勤務予定だけでなく実際の勤怠記録をもとに、休日・休憩の管理状況を把握する必要があります。

※ 出典：厚生労働省「労働条件・職場環境に関するルール」
https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/koyou_roudou/roudouseisaku/chushoukigyou/joken_kankyou_rule.html

また、年次有給休暇管理簿は、対象期間中とその期間の満了後5年間、経過措置により当分の間は満了後3年間の保存が必要です。勤怠管理システムを利用する場合は、データの保存期間だけでなく、過去の記録の検索・出力が可能かも確認しておくとよいでしょう。なお、労働安全衛生法に基づく労働時間の状況の記録にも、別途3年間の保存に関する規定があります。

※ 出典：厚生労働省「賃金台帳等の労働契約関係の書類の保存期間は何年ですか？」
https://www.startup-roudou.mhlw.go.jp/qa/zigyonushi/syuugyoukisoku/q6.html

※ 出典：厚生労働省「年5日の年次有給休暇の確実な取得について」
https://www.startup-roudou.mhlw.go.jp/qa/zigyonushi/yukyu/q9.html

法改正や労働基準法に適切に対応するには、最新の法令情報を把握し、自社の勤怠管理ルールやシステムの運用状況を見直すことが重要です。法改正への対応は、システムの導入・変更だけで完結するものではなく、就業規則や労働時間の記録方法なども確認する必要があります。

ここでは、企業が実施すべき主な対策を3つに分けて解説します。

まずは厚生労働省などの公的機関が公表する資料を確認し、改正内容・適用対象・施行日を整理しましょう。また、施行済みの制度と今後の検討事項を区別することも必要です。自社の業種や従業員の勤務形態に照らして対応の要否を判断し、必要な準備を進めることで、法令違反や対応漏れのリスクを抑えられます。

※ 出典：厚生労働省「時間外労働の上限規制」
https://hatarakikatakaikaku.mhlw.go.jp/overtime.html

あわせて、実際の労働時間を正しく記録できているか点検します。厚生労働省のガイドラインでは、原則としてタイムカードやICカードなどの客観的な記録を基礎に、始業・終業時刻を確認する方法が示されています。自己申告制の場合は、申告時間と実際の勤務状況に大きな差がないか確認し、必要に応じて補正することが重要です。※2

※1 出典：厚生労働省「モデル就業規則について」
https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/koyou_roudou/roudoukijun/zigyonushi/model/index.html

※2 出典：厚生労働省「労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置に関するガイドライン」
https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/koyou_roudou/roudoukijun/roudouzikan/070614-2.html

システムが法改正に対応していても、設定が古いままでは正しく管理できない可能性があります。現在のシステムで対応できる場合は、新たに導入し直す必要はありません。一方、必要な機能が不足している場合や、法改正への対応が難しい場合は、システムの変更・乗り換えを検討しましょう。

まずは提供会社に対応状況を確認し、自社の運用に必要な機能を整理することが大切です。

法改正に対応できる勤怠管理システムを選ぶには、必要な管理機能に加え、自社の勤務形態への適合性や法改正時のアップデート体制を確認することが重要です。法令対応をうたうシステムでも、対応機能や設定できる範囲、サポート内容は製品によって異なります。

ここでは、勤怠管理システムの導入・乗り換え時に確認したい3つのポイントを解説します。

ただし、機能が搭載されていても、管理できる範囲や設定条件は製品によって異なります。例えば、残業アラートが月単位だけでなく年単位や複数月平均にも対応しているか、有給休暇の取得義務を従業員ごとに管理できるかなどを確認しましょう。自社に必要な法令対応を整理したうえで、各機能の対応範囲を比較することが大切です。

製品によっては、勤務形態ごとに異なる集計ルールを設定できる一方、複雑な勤務体系への対応に制約がある場合もあります。導入前には、自社の就業規則や勤務パターンを整理し、想定どおりに勤怠データを集計できるか確認しましょう。無料トライアルやデモを利用し、実際の勤務パターンで検証することも有効です。

また、アップデート後も自社の就業規則に合わせた設定が必要になる場合があります。そのため、操作マニュアルや設定ガイドの提供、問い合わせ対応などのサポート内容も確認しましょう。法改正への継続的な対応に加え、必要な設定変更を無理なく行えるシステムを選ぶことが、導入後の安定した運用につながります。

勤怠管理の法改正に対応する際は、システムの変更が必要かどうかに加え、労働時間の集計方法が法令に適合しているかを確認することが重要です。ここでは、人事・労務担当者が疑問を持ちやすい2つのポイントを解説します。

一方、法改正によって新たな管理項目が必要となり、現在のシステムでは対応できない場合は、乗り換えを検討する必要があります。まずは提供会社に法改正への対応状況を確認し、自社の就業規則や勤務形態に合わせた設定変更が可能かを調べましょう。システム自体が更新されても、自社の設定変更が必要になる場合があるため、運用面も含めた確認が重要です。

※ 出典：株式会社ラクス「法改正があった場合、システムは自動でアップデートされますか？追加費用は発生しますか？」
https://www.rakus.co.jp/rakurakucloud/kintai/faq/function/law-update-support.php

ただし、割増賃金の計算では、1か月間の時間外労働・休日労働・深夜労働それぞれの合計時間に生じた1時間未満の端数について、30分未満を切り捨て、30分以上を1時間に切り上げる処理が認められています。これは割増賃金計算上の例外であり、日々の労働時間を一律に切り捨ててよいという意味ではありません。勤怠管理システムを利用する場合も、打刻・集計の設定が適切か確認しましょう。

※ 出典：厚生労働省「時間外・休日労働と割増賃金」
https://www.check-roudou.mhlw.go.jp/study/roudousya_jikangai.html

※ 出典：大阪労働局「よくあるご質問（時間外労働・休日労働・深夜労働）」
https://jsite.mhlw.go.jp/osaka-roudoukyoku/yokuaru_goshitsumon/jigyounushi/jikangai.html

また、法令対応を効率化するには、勤怠管理システムの活用も有効です。労働時間の自動集計や残業アラート、有給休暇管理などの機能に加え、自社の勤務形態への適合性や法改正時のアップデート体制を比較しましょう。既存システムの対応状況も確認したうえで、自社に適した勤怠管理システムの導入・見直しを検討することが大切です。